醫保住院報銷流程為所有參保人，報銷流程為：參保農民在定點機構門診治療時持新農合證明，定點醫療機構根據參保人提供的醫保待遇直接減免醫療費用。新增農村合作醫療戶籍戶籍存在金額，超額部分由參保農民自行支付。定點醫療機構應當及時與農業醫療機構結算。
參合農民在市、縣、鄉定點醫療機構住院治療的，定點醫療機構直接給予補償。發生的醫療費用由定點醫療機構審核，并按照《實施辦法》規定的標準墊付補助金額。
凡在省級定點醫療機構和非定點醫療機構住院的參合農民，由鄉鎮農業醫療機構給予補償。一次住院醫療費用低于2000元(含2000元)的，由鄉(鎮)農業醫院報銷。2000元以上或對住院資料有疑問的，經鄉(鎮)農業醫院審核，報縣農業醫療局審批后報銷。
申領補償時，需帶身份證、戶口本、《新農合證》(此三證原件審核后復印存底)醫療機構的有效住院發票、出院小結(或病歷)、費用清單和轉診證明。
患門診大病(慢性病)的參合農民在規定時間(一般在每年7月和12月份)，需帶身份證、戶口本、《新農合證》、門診發票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫院或專科醫院的門診大病(慢性病)證明到鄉(鎮)農醫所辦理。
對已參加了商業保險的參合農民和參加了學生醫療保險的在校學生，出院后既要商業保險賠付又要新農合補償時，參合農民應先將住院發票原件和發票復印件先交農醫所或縣級定點醫療機構核對后予以補償，再將住院發票原件到商業保險公司賠付。發票復印件由農醫所或縣級定點醫療機構保存，但外傷病人只能原件報銷(學生除外)。
住院費用應當限期申報結算，出院后3個月內可以隨時辦理補償結算手續，超過3個月的，視為自行放棄補償(農民工可以延后至年底)。農醫所按實施辦法規定標準應補償的金額在10個工作日內支付給參合農民。