工傷保險賠償和侵權賠償也存在眾多不同之處，這也是當代法律制度中將工傷保險賠償制度納入社會保障法體系而非民事侵權責任法體系的體現，是工傷保險待遇不能完全取代民法上侵權賠償責任的表現。
1.在法律性質上。
工傷保險是社會保險法律體系的重要組成部分，社會保險法日益成為介于傳統的私法和公法之間稱之為社會法，社會法是一門相對獨立的法律規范體系。而民事侵權賠償是民法中侵權之債的重要組成部分，屬于典型的私法范疇。
2.在歸責原則方面。
。當代的工傷保險賠償采用的是無過錯責任的歸責原則，勞動者在勞動過程中傷殘、死亡事故或者患職業病等工傷，不論用人單位是否存在過錯，受到事故傷害的勞動者都可以按照規定的工傷保險待遇獲得賠償。而我國《民法通則》和《侵權責任法》把過錯責任原則作為侵犯公民民事權益的歸責原則，并以法律規定的無過錯責任和過錯推定責任作為例外的歸責形式。
3.在賠償數額和賠償范圍上。
在我國，工傷保險賠償與侵權損害賠償相比，在一些具體的賠償項目上，例如傷殘補助金和死亡補助金，工傷保險的賠償標準要低于民事人身損害賠償標準。在賠償范圍上，侵權損害賠償可以請求精神損害賠償，而工傷保險賠償只是財險，不能尋求精神損害賠償。
4.從二者的作用上看。
侵權損害的受害人只能夠獲得損害賠償，主要是為了填補受害人所受損害，而工傷保險賠償中勞動者除了可以獲得損害賠償外，還可以獲得一系列的“人身性待遇”，如在工傷醫療期內，一般不得解除或者終止勞動合同，又如患職業病或者因工負傷并被確認喪失或者部分喪失勞動能力的，用人單位一般不得解除勞動合同等等。這些“人身性待遇”是民事侵權賠償制度所不能給予的。
5.爭議解決方式方面。
對于工傷職工與用工單位之間就工傷保險賠償方面發生的爭議，采取“先裁后審”的方式，仲裁是訴訟的必經程序，當事人對仲裁不服的，可以再向人民法院提起訴訟。當勞動者與社會保險經辦機構就工傷賠償等事項發生爭議的，可以向直接管理該經辦機構的勞動保障行政部門申請行政復議，不服行政機關行政復議決定的，可以向人民法院提起行政訴訟。因民事侵權賠償引起的糾紛，受侵害方可以直接向人民法院提起民事訴訟。
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